Początkowo film miał wyreżyserować Len Wiseman, który zrezygnował przed rozpoczęciem produkcji. Jego miejsce zajął Andres Muschietti, który opuścił projekt z powodu różnic artystycznych. Propozycję wyreżyserowania filmu odrzucił również Baltasar Kormákur.
Tom Hardy, Javier Bardem, Eddie Redmayne i Joseph Gordon-Levitt byli rozważni do roli Dr Henry'ego Jekylla.
Początkowo postać grana przez Toma Cruise'a nazywała się Tyler Colt, którą ostatecznie zmieniono na Nick Morton.
Film był kręcony w Londynie, Oksfordzie, Waverley Abbey, w lesie Winterfold (Anglia, Wielka Brytania) i na pustyni Namib (Namibia).
Film kręcono od 4 kwietnia do 23 sierpnia 2016 roku.